Семена цветковых состоят из зародыша, семенной кожуры запасных питательных веществ. Полностью сформированный зародыш образован в основном гипокотиль-корневой осью, несущей одну или две семядоли и апикальные меристемы побега и корня. Семядоли большинства двудольных мясистые и содержат запасные вещества семени. В других случаях, как и у большинства однодольных, эти запасы откладываются в эндосперме и семядоли поглощают из него предварительно расщепленные питательные вещества, которые затем транспортируются к растущим частям зародыша.
В эмбриогенезе побег и корень закладываются как единая структура, развивающаяся из зиготы. В результате упорядоченных делений зародыш дифференцируется на суспензор и собственно зародыш, в котором образуются так называемые первичные меристемы, предшественники эпидермы основной и проводящей тканей. Развитие семядолей может начаться либо в ходе, либо после закладки первичных меристем.
По мере развития зародыша появление новых клеток постепенно ограничивается зонами апикальных меристем. Прорастание семени, т. е. возобновление роста зародыша, зависит от факторов окружающей среды, включая воду, кислород и температуру. Многие семена способны прорастать только после периода покоя.
Вслед за периодом вегетативного роста одна или более апикальных меристем побега превращаются в репродуктивные апикальные меристемы, развивающиеся в цветки или соцветия.